L’ISEP est l’une des rares écoles d’ingénieurs dont le programme couvre l’ensemble des technologies du numérique, à la fois logicielles et matérielles. Le programme propose 9 parcours, dans le cursus d’ingénieur : architecte des systèmes d’information, ingénieur en business intelligence, ingénieur logiciel, architecte télécommunications et IoT, numérique et santé, réseaux et sécurité numérique, concepteur de systèmes embarqués, innovation et création d’entreprise .